La UGEL Condorcanqui, ha sufrido una serie de cambios que han permitido ir enfrentando retos que beneficien al Magisterio y de manera esencial a la población estudiantil. El año 1955 se pertenecía a una oficina denominada Inspección Educativa, que funcionaba en la ciudad de Bagua, dependiendo directamente de la Dirección General de Educación Primaria del MINEDU.
En el año 1962 al descentralizarse la Oficina de Inspección Educativa de Bagua, el entonces distrito de El Cenepa (hoy provincia de Condorcanqui) se divide en dos sectores: El Sistema Educativo del Alto Marañón (SEAM) a cargo del Vicariato “San Francisco Javier del Marañón” con sede en la ciudad de Jaén y el otro sector dirigido por el Instituto Lingüístico de Verano (ILV) con sede en la ciudad de Yarinacocha-Pucallpa. En el año 1974, hubo una reorganización educativa y se crean los Núcleos Educativos Comunales (NEC) con sede en la Villa Santa María de Nieva, pero estos desaparecen el año 1983 y da paso a las Supervisiones Sectoriales y Provinciales.
En el año 1984, al crearse la Provincia de Condorcanqui, se crean las Supervisiones Sectoriales en los distritos de Río Santiago (Puerto Galilea) y El Cenepa (Huampami) quedando como Supervisión Provincial la Villa de Santa María de Nieva. Después de 05 años (1989) se dan paso a las Unidades de Servicios Educativos (USE) y en el mes de octubre del mismo año se crea La Unidad de Servicios educativos de Condorcanqui (USE-C) con autonomía administrativa, económica y técnico pedagógica (Unidad Ejecutora) con dependencia directa del Ministerio de Educación, contando con un total de 72 plazas debidamente presupuestadas dentro de su CAP y posteriormente cambia a Dirección de Desarrollo Educativo (DIDE-C).
En el año 1994, por acciones de reorganización y al ponerse en marcha los Gobiernos Regionales – Región Nor Oriental del Marañón (RENOM) desaparece la DIDE Condorcanqui, reubicando sus plazas a otras instancias y dejando solo con cinco (05) plazas para convertirla en Área de Desarrollo Educativo Condorcanqui (ADE-C) sin tener en cuenta su amplitud geográfica y pasando a pertenecer a la Dirección Sub Regional de Educación I – Jaén (DSRE-I), muy parecido al Sistema del Alto Marañón (SEAM). En el año 2003 con Resolución Suprema Nª 203-2002-ED, publicado en el Diario Oficial “El Peruano” el 10 de enero del 2003, se aprueba el ámbito jurisdiccional, la Organización y Cuadro de Asignación de Personal (CAP) de la UGEL de Condorcanqui, en su mayoría con plazas No presupuestadas.
En el año 2005 con Resolución de Gerencia General Regional Nª 093-2005-Gobierno Regional Amazonas-GGR de fecha 08 de abril del 2005, se dispone la Organización de la Unidad Ejecutora 302: Educación Condorcanqui de la UGEL Condorcanqui, con autonomía administrativa y económica a partir del 01 de mayo del 2005 con cuenta puente de la Unidad Ejecutora Nª 003-GSRC y con oficio Nº 0782-2005-EF/76.16 el Ministerio de Economía y Finanzas, crea la Unidad Ejecutora para el año 2006, la misma que hasta la fecha viene funcionando con personal destacado y contrato administrativo de servicios (CAS).